Emanuele Mazzoni est professeur associé en Entomologie générale et appliquée (SSD AGR/11) à la Faculté d'Agriculture, Alimentation et Sciences de l'Environnement de l'Università Cattolica del Sacro Cuore. Il a obtenu son diplôme "cum laude" en Agriculture (Productions végétales) à Piacenza dans la Faculté d'Agriculture, Alimentation et Sciences de l'Environnement de l'Università Cattolica del Sacro Cuore en 1985 en défendant la thèse expérimentale "Entomofauna of Sorghum halepense (L.) Pers. Il est membre de l'"Accademia Nazionale Italiana di Entomologia". En outre, il est également membre du groupe d'experts du projet "Stockage durable des céréales par la mise en œuvre d'un nouveau protecteur et d'une technologie d'application polyvalente" (cadre européen Horizon 2020 : G.A. 101000663). À la Faculté d'agriculture, d'alimentation et de sciences de l'environnement de l'Università Cattolica del Sacro Cuore, il enseigne les cours "Entomologie agricole" et "Protection des denrées alimentaires - Parasites animaux" (diplôme de premier cycle/licence en sciences) ; "Parasitologie végétale et protection intégrée des cultures - Protection intégrée des cultures" et "Gestion des maladies et des ravageurs pour une viticulture durable - Ravageurs" (diplôme de maîtrise en sciences). Il est tuteur des étudiants de doctorat en entomologie agricole de l'école doctorale Agrisystem de l'Università Cattolica del Sacro Cuore.
Il a réalisé des études sur l'anatomie et l'histologie des systèmes sensoriels chez les mâles de Diaspididae, chez les parasitoïdes Hyménoptères et chez Metcalfa pruinosa. Il a étudié la biologie et le contrôle des insectes nuisibles agissant comme vecteurs du phytoplasme de la vigne et de la tomate. Il a collaboré à la découverte, au développement et à l'évaluation de l'efficacité de nouveaux synergistes à utiliser contre les ravageurs agricoles et domestiques (projet européen "ECOSYN", subvention n° 605740). Il est actuellement impliqué dans des recherches sur les mécanismes de résistance aux insecticides chez les pucerons (Myzus persicae et Aphis gossypii), chez les lépidoptères ravageurs des vergers (principalement Carpocapsa pomonella et Cydia molesta), chez Musca domestica, chez Tetranychus urticae et chez Varroa destructor. Il étudie également divers aspects de la protection des produits stockés, en se concentrant sur l'identification des parasites et la vulnérabilité des emballages. Plus récemment, il a commencé des études sur l'utilisation de Hermetia illucens (mouche soldat noire) pour recycler les déchets agricoles et produire des biomolécules (chitine, protéines, biodiesel).
Ses contributions scientifiques, publiées dans des revues nationales et internationales, traitent de plusieurs aspects de la zoologie et de l'entomologie agricoles (lutte intégrée, surveillance des ravageurs, développement et application de modèles de prévision, anatomie et morphologie et résistance aux insecticides). Il a présenté ces résultats, également en tant qu'orateur invité, dans de nombreux congrès nationaux et internationaux d'entomologie.
Il a participé au groupe de travail "ENMARIA : European Network for the Management of Arthropod Resistance to Insecticides and Acaricides", projet id : FAIR962024, de novembre 1996 à avril 1999. En 2011-2012, il a été invité en tant qu'expert externe aux réunions du groupe de travail "Sucking Pest" de l'IRAC pour développer des stratégies de gestion de la résistance aux néonicotinoïdes pour le puceron vert du pêcher Myzus persicae.
Il a été superviseur scientifique de nombreuses recherches financées par des bailleurs de fonds privés et publics nationaux et internationaux. Il a été chef d'équipe et chef de groupe dans le projet européen "ECOSYN : Ecofriendly synergists for insecticide formulations (FP7-SME-2013-605740)". Il a publié plus de 100 articles scientifiques traitant de divers aspects de l'entomologie et de la zoologie agricoles : lutte intégrée contre les ravageurs, surveillance des ravageurs, application de modèles de prévision, anatomie fonctionnelle et morphologie des insectes et résistance aux insecticides.